ゲーム内でセーブしたのに次にソフトを起動したとき、そのセーブデータが残っていません。 – セガQ&Aサイト

ステートセーブ（中断データ）をロードしたことにより、ゲーム内のセーブデータが上書きされているものと思われます。
ステートセーブ（中断データ）には、ゲーム内のセーブ情報の状況も保存されます。
ゲームを進めて、ゲーム内のセーブを行っていても、ステートセーブ（中断データ）をロードすると、ゲーム内データも過去の状態に上書きされてしまいます。
ゲーム内でセーブしたデータを残しておくには、中断データをロードする前に、必ず別ブロックに最新のステートセーブ（中断データ）を行うようにしてください。