【Xbox One・Xbox Series X|S/龍が如く７外伝名を消した男】先にストーリーを進めた事によって、二度と行えなくなるサイドストーリーなどはありますか

ありません。
ストーリー中に取りこぼした要素はクリア後モードでデータを引き継いで回収可能です。