本体電源をONにした後にUSBハブを接続した際、コントローラーが効かなくなる事がある。 – セガQ&Aサイト

USBハブを接続／取り外しするときは、メガドライブミニ2本体のパワースイッチをOFFにしてください。
USBハブにつないだコントロールパッドが動作しない場合は、メガドライブミニ2本体のパワースイッチをOFFにしてUSBケーブルをACアダプタから抜き、その後ふたたびUSBケーブルをACアダプタに差し込んだ後に、メガドライブミニ2本体のパワースイッチをONにして電源をいれてください。