あります。
本作は、ストーリーの進行度に合わせて操作キャラクターが「桐生」・「真島」切り替わりますので、ストーリーの進行度（操作しているキャラクター）によっては、サブストーリーがプレイできないタイミングがあります。（例：「桐生」操作時に「真島」が関わるサブストーリーはプレイできない、など）
最後の自由時間（ラストADV）を過ぎると、以降神室町・蒼天堀には戻れませんので、サブストーリーやシノギなど、一部コンテンツを進めることができなくなります。
ストーリークリア前にやり残したコンテンツ（サブストーリー等）がある場合は、一度本編をクリアし、クリアデータを作成することで開放される「プレミアム・アドベンチャー」でサブストーリーを含めた全てのコンテンツを再開することができます。
本作は、ストーリーの進行度に合わせて操作キャラクターが「桐生」・「真島」切り替わりますので、ストーリーの進行度（操作しているキャラクター）によっては、サブストーリーがプレイできないタイミングがあります。（例：「桐生」操作時に「真島」が関わるサブストーリーはプレイできない、など）
最後の自由時間（ラストADV）を過ぎると、以降神室町・蒼天堀には戻れませんので、サブストーリーやシノギなど、一部コンテンツを進めることができなくなります。
ストーリークリア前にやり残したコンテンツ（サブストーリー等）がある場合は、一度本編をクリアし、クリアデータを作成することで開放される「プレミアム・アドベンチャー」でサブストーリーを含めた全てのコンテンツを再開することができます。