複数人プレイができるタイトルでHUBを使用した場合、HUBのどの端子に接続すればよいですか。どのポートでも大丈夫ですか。

USBハブは必ず「コントロール端子2」に接続してください。「コントロール端子2」に接続したUSBハブのポートにコントローラーを差した順に割り振られていきます。
USBハブを接続／取り外しするときは、メガドライブミニ本体のパワースイッチをOFFにしてUSBケーブルをACアダプタから抜き、その後ふたたびUSBケーブルをACアダプタに差し込んだ後に、メガドライブミニ本体のパワースイッチをONにして電源をいれてください。